同位素分析：通过正离子质谱检测不同同位素的比例，用于地质年代学、环境科学等领域。
元素分析：测定样品中的元素组成，包括主要元素和微量元素。
氧化态分析：分析元素的氧化态，了解其在样品中的化学状态。
生物标志物检测：检测生物样本中的特定化合物，用于疾病诊断和生物过程研究。
蛋白质序列分析：通过正离子质谱分析蛋白质的氨基酸序列。
代谢物鉴定：识别和定量生物样本中的代谢物。
药物分析：检测药物及其代谢产物，用于药物开发和临床监测。
环境污染物检测：分析环境样品中的污染物，如重金属、农药等。
食品安全检测：检测食品中的有害物质，如毒素、添加剂等。
法医分析：在法医学中用于鉴定不明物质或进行毒物分析。
材料表征：分析材料的化学成分，用于新材料的开发和质量控制。
核燃料循环分析：监测核燃料循环过程中的裂变产物和裂变钚。
放射化学分析：测定放射性核素的质量和能量分布。
单分子检测：在高灵敏度的质谱分析中，检测单个分子的存在。
表面分析：分析材料表面的化学成分，用于纳米技术和表面科学。
气相色谱-质谱联用（GC-MS）：结合气相色谱的分离能力和质谱的鉴定能力，用于复杂样品的分析。
液相色谱-质谱联用（LC-MS）：用于生物大分子和复杂有机混合物的分析。
热解-质谱联用（Py-MS）：分析热解产物，用于材料的热稳定性研究。
二次离子质谱（SIMS）：用于固体表面的高分辨率元素和同位素分析。
质谱成像：通过质谱技术获取样品的化学图像，用于生物医学研究。
稳定同位素比率分析：测定稳定同位素的比率，用于示踪生物过程和环境变化。
质谱流式细胞术：结合流式细胞术和质谱，用于细胞异质性的分析。
质谱引导的结构鉴定：在未知化合物的结构鉴定中，利用质谱数据辅助解析分子结构。
质谱数据库检索：通过质谱数据与数据库比对，快速鉴定未知化合物。
质谱定量分析：利用质谱信号的强度进行化合物的定量分析。
质谱法蛋白质组学：大规模分析蛋白质的表达和修饰，用于疾病机理研究。
质谱法代谢组学：全面分析生物样本中的代谢物，用于疾病诊断和生物标志物发现。
质谱法脂质组学：分析细胞和组织的脂质组成，用于研究脂质代谢和疾病相关性。
质谱法核酸组学：分析核酸分子的组成和结构，用于基因表达和遗传变异研究。
